A compact, inspectable phylogenetic analysis route for homologous protein or DNA sequences: multiple sequence alignment, optional trimming, tree inference, static tree visualization, report, and provenance. 面向同源蛋白或 DNA 序列的紧凑、可检查系统发育分析路线：多序列比对、可选修剪、建树、静态树图、报告和溯源记录。
The flow is intentionally narrow: it starts from sequences that are already homologous and keeps the command record transparent. 这个流程有意保持边界清楚：它从已经确认同源的序列开始，并保留透明的命令记录。
Use raw homologous FASTA with --input, or provide a pre-aligned FASTA with
--alignment.
可以用 --input 传入同源 FASTA，也可以用 --alignment 传入已比对 FASTA。
Alignment FASTA, trimmed alignment, Newick tree, rectangular/circular tree plots, HTML report, commands, versions, methods, logs, and manifest. 输出比对 FASTA、修剪后比对、Newick 树、矩形/环形树图、HTML 报告、命令、版本、方法记录、日志和运行记录。
The final tree is a gene/protein tree for the chosen sequence set. It does not choose homologs, determine orthology, or automatically become a species tree. 最终树是给定序列集下的基因/蛋白树。它不负责选择同源序列、判定直系同源，也不自动等同于物种树。
Most runs only need an input, an output directory, and a small number of route choices. The options below are the stable user-facing controls exposed by the flow. 大多数运行只需要输入、输出目录和少量路线选择。下面列出的是这个流程面向用户稳定暴露的主要参数。
--input PATH--alignment PATH
Use --input for unaligned homologous FASTA; use --alignment when you already trust an aligned FASTA.
--input 用于未比对的同源 FASTA；已有可信比对时用 --alignment。
They are mutually exclusive. Existing-alignment mode records aligner=none.
二者不能同时使用；已比对输入会记录 aligner=none。
--outdir PATH--forceChoose a dedicated output directory for one run. 为一次运行选择专门的输出目录。
Existing directories are refused unless --force is set.
默认拒绝已有目录；确认覆盖时才使用 --force。
--seq-type auto|dna|proteinTell the flow whether the sequences are DNA or protein, or keep automatic detection. 指定序列是 DNA 还是蛋白；也可以保留自动判断。
Default is auto. Set it explicitly when the input is short or ambiguous.
默认是 auto；输入较短或容易误判时建议显式指定。
--aligner mafft|muscle|clustalo|noneSelect the multiple-sequence aligner for raw FASTA input. 为未比对 FASTA 选择多序列比对工具。
Default is mafft. Existing-alignment input forces none.
默认是 mafft；已比对输入会强制使用 none。
--trimmer trimal|clipkit|noneChoose whether and how to trim the alignment before tree inference. 选择建树前是否修剪比对，以及使用哪种修剪工具。
Default is trimal. Use none when preserving every column matters.
默认是 trimal；需要保留全部列时使用 none。
--tree-engine iqtree|fasttreeChoose the tree inference engine. 选择系统发育树推断工具。
iqtree is the stricter default; fasttree is faster and approximate.
iqtree 是更严格的默认路线；fasttree 更快但更近似。
--model MODELSet the IQ-TREE model, or use automatic model selection. 设置 IQ-TREE 模型，或使用自动模型选择。
Default is auto. The cytochrome c example uses LG.
默认是 auto；cytochrome c 示例使用 LG。
--bootstrap N--alrt N--seed NControl IQ-TREE support values and reproducible random choices. 控制 IQ-TREE 支持率计算和可复现随机选择。
Defaults are 1000 for UFBoot and SH-aLRT; use 0 to disable in fast demos.
UFBoot 和 SH-aLRT 默认都是 1000；快速演示时可设为 0。
--plot-tree true|false--plot-layout rectangular|circular|fan--plot-formats pdf,png,svgControl static tree visualization and the report gallery. 控制静态树图和报告图集。
The default report keeps rectangular and circular views; fan is kept when selected as the primary layout. 默认报告保留矩形和环形视图；扇形图只在设为主布局时保留。
--sanitize-ids true|false--threads NNormalize sequence IDs and set the thread count for supported tools. 规范化序列 ID，并设置支持多线程工具的线程数。
ID normalization writes 00_inputs/sequence_id_map.tsv; default thread count is 4.
ID 规范化会写出 00_inputs/sequence_id_map.tsv；默认线程数为 4。
This embedded report is copied from the flow repository's cytc-out example output. It is the
same static artifact a user opens after running the flow.
下面嵌入的报告来自流程仓库中的 cytc-out 示例输出，也就是用户运行流程后会打开的静态结果。
Install from the Hub index, inspect help, then run with an explicit output directory. 从 Hub 索引安装，先看 help，再用显式输出目录运行。
taf update
taf install phylogeny-flow
taf-phylogeny-flow --help
taf-phylogeny-flow \
--input sequences.fa \
--outdir phylogeny-out \
--model LG \
--threads 4